Ассоциация создана в 1988 г. по инициативе руководителей крупнейших портов СССР для объединения усилий при решении различных вопросов портовой деятельности. С распадом страны и переходом к рыночной экономике, изменениями в производственных отношениях и статусах портов, роль Ассоциации в решении различных проблем, возникающих в области морской деятельности, значительно возросла.
Цели Ассоциации: координация деятельности своих членов, всестороннее деловое сотрудничество и содействие в расширении возможностей их производственного и социального развития, защита законных прав и интересов членов АСОП, объединение усилий для решения отраслевых, межотраслевых и региональных задач по эффективному использованию производственного потенциала организаций морских портов России, совместному решение научно-технических проблем эксплуатации организаций морских портов России, развитие сотрудничества с деловыми партнерами.
В настоящее время Ассоциация насчитывает около 50 постоянных членов. Это крупнейшие российские порты, морские институты и высшие учебные заведения, крупные компании и др.
В состав АСОП входят 4 комитета по различным направлениям портовой деятельности - по производственным и эксплуатационным вопросам, по экономике и социальным вопросам, по коммерческо-правовым вопросам, по технологии и механизации. Комитеты разрабатывают концепции, правила для включения в нормативные документы, проводят экспертизы различных проектов и мн. др. В их работе активное участие принимают лучшие специалисты морской отрасли, а также представители смежных министерств, эксперты при Правительстве и Президенте РФ. В настоящее время Ассоциация имеет соглашение о сотрудничестве со службой морского флота Минтранса России, с Институтом законодательства и сравнительного правоведения при Правительстве РФ и Исследовательским центром частного права при Президенте РФ, Союзом российских судовладельцев, Российской Ассоциацией международных экспедиторов. Представители АСОП принимают участие в работе Консультативного совета при ГТК РФ и Координационного совета по оказанию комплексных транспортных услуг грузоотправителям России, куда приглашаются организации стран СНГ и Балтии. В 1998 году Ассоциация выступила в роли учредителя Института Морского Права.
Ассоциация решает вопросы касающиеся взаимоотношений участников транспортного процесса при перевозке грузов (впервые в Гражданском Кодексе появилось понятие «транспортная экспедиция», введены «Обычаи порта», новое положение о сборах, о портовой администрации и т.д.), налогах (отмена НДС), тарифах (выработана методика формирования тарифов на базе себестоимости, разработаны рекомендации по принятию сквозных тарифов), активно привлекает внимание различных организаций к возможностям транспортных коридоров через территории СНГ и Балтии, необходимости упрощения таможенных формальностей.
Особое внимание уделяется отечественному производству перегрузочного оборудования, выработке прогрессивных технологий, инвестициям в повышение эффективности работы портовой инфраструктуры и повышению квалификации всех организаций-членов АСОП.