Во-первых, flash плеер более устойчив к внешним условиям. Тогда как CD плееры очень чувствительны к встряске, что делает весьма затруднительным их использование во время бега, например. Всё-таки не очень приятно тметь такой "скачущий" звук. Да и повредить flash плеер намного сложнее.
Кроме этого, огромным преимуществом flash является огромный объём информации, который можно разместить в памяти этого устройства. Около 15 обычных CD MP3 дисков - то есть десятки часов музыки. Старый MP3 плеер в этом плане, конечно, уступает. Эта же способность вмещать большие объёмы информации часто используется по прямому назначению - на плеер можно "скинуть" ту или иную нужную информацию и хранить её при необходимости.
И, конечно, несомненным достоинством flash плееров являются миниатюрные размеры и малый вес. Так что очевидны несомненные плюсы этих маленьких звуковых центров, разработка новейших моделей которых продолжается и сегодня.